Para explicar este apartado, indudablemente tenemos que atender a las causas, que no son otras más que la epidemia de fiebre amarilla que azotó a la ciudad desde agosto de 1800 hasta los primeros días de 1801. Aunque si bien la tendencia alcista de enterramientos se empezó a notar entre el dia 20 y 25 de ese mes, según indica el vicario general, hay que atender que la propagación de la epidemia en otros lugares y en fechas anteriores, como son Sevilla o incluso Puerto Real, no fue reconocida como tal por el municipio isleño hasta el 22 de agosto. A esto debemos añadir el desconocimiento del origen de la enfermedad, su prevención y su tratamiento, que llevó al alcalde mayor a promulgar unas medidas de higiene de carácter general que demostraban bien a las claras el deplorable estado sanitario, como bien nos indica Emilia de la Cruz Guerrero.

Tras esa primera tendencia alcista de enterramientos, sigue una también elevada mortalidad en septiembre. Siendo ya en octubre cuando las cifras se disparan, con más de 400 fallecimientos.
En esos momentos el cabildo municipal acuerda que: "deseando dar sus vivas muestras de ardientes deseos de implorar la Divina Misericordia mediante lo que disponga el venerable clero], hacer Novena a Nuestro Padre Jesús Nazareno que se venera en la Yglesia Mayor; se saque a este Señor en Procesión el último día de la misma novena, con la efigie también de Ntra. Señora de la Salud, y que se le hagan rogativas por tres días con la Divina Majestad Sacramentada manifiesta por mañana y tarde". Pero la epidemia no remite, se llega así en otro intento desesperado de conseguir el auxilio y la misericordia divina, el día 15 de octubre de 1800, donde en cabildo municipal se hace presente que ya se han formalizado los votos del vecindario que se han de hacer al Glorioso Patriarca Señor San José, y se acordó despachar un oficio al Vicario de la iglesia, para que se sirva disponer que los miembros del clero concurran a el cabildo general que se ha de celebrar al día siguiente a las cinco de la tarde.

En este cabildo, del 16 de octubre, se acuerda verificar el voto, el modo y circunstancias en que se ha de solemnizar. Se acordó entonces que el acto del voto se solemnizaría el Domingo 19 de octubre, a las nueve y media de la mañana. Para ello se convocan por oficio alas Reverendas comunidades de padres carmelitas y franciscanos, así como a las reverendas religiosas. Igualmente al Excmo Señor Capitán General, intendentes generales de Marina y demás jefes del Departamento para que concurran. También a los comisarios de barrio para que congregados con sus vecinos asistan a la función.

El día 19 deoctubre de 1800, el Teniente de Navio de la Real Armada, D. Juan Jose Salomon, en calidad de escribano, levanta acta e indica: "que haviendose juntado en las Casas Consistoriales como lo han de uso y costumbre, en la misma disposicion que para celebrar cabildo, siendo como hora de las nueve y media de la mañana; se dirigieron en forma de Villa con mi asistencia ala Yglesia mayor, en la que ya se hallaba el venerable clero, la Sagrada religion de N.P. Sr. S. Francisco, el Vicario del convento de Rdas. Religiosas, varios excmos señores capitan General y Teniente, señores gefes, intendentes, ambos cuerpos de comisarios de los Barrios, con sus vocales y vezinos, y otro numeros concurso de las ordenes y clases de este pueblo [...], estando expuesta su Sagrada imagen [se hace mención de ser la de San José] a la publica veneracion en Altar portatil al lado diestro de el mayor; se dio principio a la solemne función descubriendo a la Divina Majestad Sacramentada, y después del ofertorio de la Misa Mayor se subieron al Presbiterio los Maceros de la Villa, los referidos Caballeros Diputados de este Ayuntamiento, el presidente de la sagrada religión de franciscanos, el vicario de las Rvdas. Religiosas, los Sres diputados del venerable clero; arrodillados todos, y puestos los sagrados evangelios en mano de los señores ministros, en voz alta, e inteligible se leyó para su celebración el voto que dice así:

Omni- Potente Señor Dios de las Misericordias y de todo conzuelo===El Clero, Ayuntamiento, las Comunidades Religiosas , las Ordenes y Clases de este pueblo, á quienes representamos, postrados ante vuestra adorable Presencia, confesandonos por nuestras culpas Acreedores al justo enojo que nos manifiestas, imploramos humildes Vuestras Misericordias por los Méritos de la Siempre Virgen María Vuestra Madre, y de la especial interseccion que solicitamos de el Patriarca Señor Sn. Joseph, a quien ofrecemos una perpetua festividad en el dia de sus Desposorios con asistencia de ambos cabildos y Ayuno en su Vispera; Asegurando Señor ante vuestro divino acatamiento, y sobre vuestros Santos evangelios la observancia de este solemne vto por Nosotros, el Pueblo, y su Posteridad, confiando señor nos dispenses tu Misericordia, apiadándote de este angustiado Pueblo=== Dígnate Señor Dios Ynmenso oir nuestras súplicas y aceptar nuestros votos benignamente, como humildes te pedimos, y esperamos de Tu Infinito Amor. Ysla de León y Octubre diez y nueve de mil y ochocientos".

A continuación se hace una ADVERTENCIA, donde se hace saber al pueblo, se hará la solicitud oportuna para que se confirme la eleccion de patrono mayor, que se hizo popularmente en 1766. La respuesta de toda la Iglesia Mayor fue de: Amén. El Vicario general, D. Francisco Castañeto , el mismo que ofició la misa cantada, dio un discurso sobre el acto celebrado, y luego se concluyó la Función.

Será el 25 de octubre, cuando un médico de la Real Marina, José Rivero, manifiesta que la epidemia ha empezado a remitir, aunque aún persistía el riesgo de recaídas debido a nuevos contagios de gentes procedentes del exterior. En efecto, el 3 de noviembre el Ayuntamiento reconocía una muy importante disminución en el número de muertes.

En este tiempo se recibió un pliego, enviado desde la Villa de Reus por Celedonio Vila, sobre la protección de Nuestra Señora de la Misericordia, que se venera en extramuros en esa Vila, abogada contra la peste, se incluía además una estampa de la misma, acordando el consistorio darle las gracias a este señor.el consistorio, poner en la sala capitular la efigie del Patrono de la Villa, señor San José, "con la descripción al pie en que conste el Voto que se le hizo".